Mikrobiol. Z. 2021; 83(1):78-86.
doi: https://doi.org/10.15407/microbiolj83.01.078

Використання імуноінформатики для ідентифікації епітопів нуклеокапсидних фосфопротеїнів SARS-COV-2
для розпізнавання цитотоксичними T-лімфоцитами та B-клітинами

Медичний коледж Університету Мосула
вул. Алмаджмуа, Мосул, 41002, Ніневія, Ірак

У грудні минулого року в місті Ухань (Китай) з’явився новий коронавірус. Вірус SARS-COV-2 викликає гострий респіраторний синдром високої інтенсивності з підвищеним рівнем смертності. Нуклеокапсидний фосфопротеїн (НФ) є одним з найбільших структурних білків вірусу, він має імуногенну активність і здатен викликати Т-клітинну імунну відповідь. Оскільки НФ розглядається як потенційна основа для створення вакцини, метою нашого дослідження було виявити епітопи всередині пептидів НФ, які можуть розпізнаватися цитотоксичними Т-лімфоцитами (ЦТЛ) та В-клітинами. Методи. Ми використовували низку загальновживаних засобів та алгоритмів імуноінформатики, таких як FASTA-NCBI, CLUSTAL-OMGA, T-COFFEE, SWISS-MODEL, CTLPred та їх різновиди. Результати. Гомологічне моделювання та суміщення НФ SARS-CoV-2 показали наявність високої кількості консервативних залишків порівняно із суміжними послідовностями. Були виявлені різні типи алелів основного комплексу гістосумісності (MHC), зокрема афінність лейкоцитарних антигенів людини (HLA-A) до НФ. Ми також показали наявність шести епітопів, які здатні розпізнаватися В-клітинами на рівні вище порогового значення. Висновки. Ми встановили співпадіння у високому рівні зв’язування алелей HLA-A*02:01 між НФ нового коронавірусу SARS-CoV-2 та НФ коронавірусу кажанів SARS-Bat-CoV. Ідентифікація відповіді ЦТЛ та прогнозування відповіді В-клітин буде корисною при зворотному імуногенетичному підході, отже, у процесі стратегічного планування правдоподібного дизайну вакцини.

Ключові слова: нуклеокапсидний фосфопротеїн, SARS-CoV, імуноінформатика, епітоп MHC, цитотоксичні Т-лімфоцити, афінність.

Повний текст (PDF, англ)