Mikrobiol. Z. 2020; 82(3):14-21.
doi: https://doi.org/10.15407/microbiolj82.03.014
Характеристика геному штаму Bacillus velezensis ONU 553,
ізольованого з донних відкладень Чорного моря
М.Д. Штеніков1, А.М. Остапчук1, Н.Ю. Васильева1, А.М. Лужецький2,
К. Рюкерт2, Й. Каліновські2, В.О. Іваниця1
1Одеський національний університет імені І.І. Мечникова
вул. Дворянська, 2, Одеса, 65000, Україна
2Інститут фармацевтичних досліджень Гельмгольца землі Саар
2, Кампус Е8 1, Саарбрюккен, 66123, Німеччина
Пошук продуцентів біологічно активних метаболітів зміщується в напрямку дослідження штамів з екзотичних біотопів. Аеробні спороутворюючі бактерії з донних відкладень Чорного моря є добрим прикладом таких мікроорганізмів завдяки легкості селективного виділення, підтримання в культурі та високій біосинтетичній активності. Мета. Проаналізувати структуру генома антагоністично активного штаму Bacillus sp. ONU 553, ізольованого з донних осадів Чорного моря, для його реідентифікації та виявлення генів, що відповідають за синтез біологічно активних сполук. Методи. Отриману геномну ДНК було секвеновано з використанням секвенатору НiSeq 1500 (Illumina). Збірку геному здійснено з використанням асемблеру Newbler версії 2.8, визначення видової належності штаму – за допомогою сервера TYGS, підрахунок ANI – з використанням Ezbiocloud. Анотування геному здійснено за допомогою серверів PATRIC та NCBI PGAP, пошук кластерів біосинтезу антибіотиків та бактеріоцинів – за допомогою antiSMASH та Bagel4 відповідно. Пошук детермінант патогенності виконувався за допомогою IslandViewer, резистентності до антибіотиків – ResFinder-3.2, пошук профагових елементів – з використанням PHASTER. Результати. Встановлено, що розмір дослідженого геному сягає 3 934 563 пар основ, вміст ГЦ-пар складає 46,69%. Виявлено 3 953 відкриті рамки зчитування, з них ідентифіковано 3 252 (82%). Виявлено детермінанти шести антибіотиків і двох бактеріоцинів, а також чотири профаг-подібних елементи. Висновки. Проведені дослідження та порівняльний аналіз геному штаму Bacillus sp. ONU 553, ізольованого з донних осадів Чорного моря, дають підстави підтвердити його ідентифікацію до виду Bacillus velezensis та роблять перспективним його подальше дослідження як потенційного пробіотика та джерела нових біологічно активних метаболітів.
Ключові слова: Bacillus velezensis, анотація геному, морські бактерії, донні відкладення, Чорне море, бактеріоцини, антимікробні сполуки.
Повний текст (PDF, англ)