Mikrobiol. Z. 2019; 81(6):45-57. Ukrainian.
doi: https://doi.org/10.15407/microbiolj81.06.045
REP-ПЛР аналіз бактерій роду Erwinia – збудників хвороб яблуні в Україні
Данкевич Л.А., Мучник Ф.В., Патика В.П.
Інститут мікробіології і вірусології ім. Д.К. Заболотного НАН України
вул. Академіка Заболотного, 154, Київ, 03143, Україна
Мета. Для коректної видової ідентифікації та оцінки групової гетерогенності було проведено фінгепринтування геномів ізольованих нами Erwinia sp., колекційних Erwinia horticola штамів та типового штаму Erwinia amylovora УКМ В-9057Т. Методи. В ході досліджень було використано мікробіологічні, молекулярно-генетичні (REP-ПЛР) та статистичні (UPGMA) методи. Результати. Оцінена генетична гетерогенність ізольованих Erwinia sp., колекційних E. horticola штамів. Встановлено значну спорідненість ізольованих Erwinia sp. штамів із типовим штамом E. amylovora УКМ В-9057Т за BOX, REP та ERIC профілями. Виявлено гетерогенність колекційних штамів E. horticola за даною ознакою. Висновки. Вперше в Україні проведено BOX, REP та ERIC профілювання бактерій роду Erwinia, що викликають хвороби яблуні. Встановлена відсутність гетерогенності геномних фінгерпринтів (100% ідентичності) ізольованих нами штамів Erwinia sp. і їх спорідненість з аналогічними, отриманими для типового штаму E. amylovora УКМ В 9057Т. Аналогічні профілі колекційних штамів E. horticola споріднені з профілями E. amylovora УКМ B-1095Т на 85−92% (ВОХ-ПЛР), 78−89% (REP-ПЛР) та 64−100% (ERIC-ПЛР) відповідно. Отримані нами результати можуть бути використані для моніторингу розповсюдження даних збудників та ідентифікації окремих штамів у дослідженнях з популяційної генетики, філогенетики та біогеографії.
Ключові слова: ідентифікація, генетична гетерогенність, REP-ПЛР, Erwinia sp., Erwinia horticola, Erwinia amylovora.
Повний текст (PDF, укр)