Mikrobiol. Z. 2019; 81(2):41-50. Russian.
doi: https://doi.org/10.15407/microbiolj81.02.041
Гомологічність первинних структур бета-галактозидазного гена Streptomyces globisporus 1912
та аналогічних генів стрептоміцетів
Поліщук Л.В., Бамбура О.І.
Інститут мікробіології і вірусології ім. Д.К. Заболотного НАН України
вул. Академіка Заболотного, 154, Київ, 03143, Україна
Мета даного дослідження – визначити ступінь гомології нуклеотидних послідовностей β-галактозидазних генів ряду штамів стрептоміцетів і гена S. globisporus 1912, що кодує β-галактозидазу. Аналізували геноми 30 штамів стрептоміцетов з різним ступенем таксономічної спорідненості S. globisporus 1912. Методи. Порівняльний BLAST аналіз первинних структур геномів 31 стрептоміцета з баз даних «Nucletide collection» і «Whole-genome shotgun contigs» на сервері NCBI проводили за допомогою програм (blastn і bl2sеq) з пакету BLAST. Результати. BLAST aналізом встановлено значну ступінь гомології (від 66% до 97%) послідовностей бета-галактозидазних генів більшості (90%) досліджених штамів стрептоміцетов аналогічному гену S. globisporus 1912-4Сrt. З них тільки первинні структури бета-галактозидазних генів штамів – членів S. albovinaceus субклади мали ступінь гомології їх структур референсному гену вище 95,5%. Встановлено, що в геномах штамів з представленої довільної вибірки присутні до 6 бета-галактозидазних генів. Однак у більшості (51,6%) штамів в геномі присутні по одному бета-галактозидазному гену, у 3 з них структури бета-галактозидазних генів не мають гомології зі структурою референсного гена S. globisporus 1912-4Сrt. Висновки. Гомологічність первинних структур бета-галактозидазних генів штамів стрептоміцетів і аналогічного гена S. globisporus 1912-4Сrt залежить від таксономічної їх генетичної спорідненості штаму S. globisporus 1912. Наприклад, первинні структури бета-галактозидазних генів штамів – членів S. albovinaceus субклади були найбільш гомологічними структурі референсного гена (вище 95,5%).
Ключові слова: стрептоміцет, β-галактозидазний ген, гомологічність, покриття, геном, клада, вирівнювання послідовностей, первинна структура.
Повний текст (PDF, рос)