Mikrobiol. Z. 2018; 80(6):28-40. Russian.
doi: https://doi.org/10.15407/microbiolj80.06.028

Організація crt-кластерів штамів із Streptomyces albus клади

Поліщук Л.В., Лук’янчук В.В.

Інститут мікробіології і вірусології ім. Д.К. Заболотного НАН України
вул. Академіка Заболотного, 154, Київ, 03143, Україна

Мета даного дослідження - виявити подібність в оргаізації crt-кластерів 8 штамів, що відносяться до S. albus клади, показати можливість використання організації crt-кластерів для класифікації стрептоміцетів до таксонів нижчої ієрархії. Методи. Порівняльний аналіз in silico первинних структур геномів з бази даних "Nucleotide collection" на сервері NCBI проводили за допомогою програм blastn і bl2sеq із пакету BLAST. Результати. Встановлено ряд подібностей в будові crt-кластерів, відібраних для досліджень 8 штамів (4 штамів як визнаних членів з S. albus групи: J1074, DSM 41398, SM 254, BK3-25, так і 4 вірогідних її членів: S. sampsonii KJ40, Streptomyces sp. GBA 94-10, Streptomyces sp. ПВС 94-07, Streptomyces sp. FR-008). Встановлено, що всі 8 crt-кластерів складаються з 2 конвергентних оперонів. Виявлено відсутність в них crtT-генів. У всіх 8 crt-кластерах присутні вставки з додаткових генів, продукти яких не беруть участі у синтезі каротиноїдів. В кластерах 6 штамів вони локалізовані між оперонами, винятком є штами S. albus DSM 41398 і BK3-25, у яких додаткові гени знаходяться між генами crtY і crtU. Висновки. Зроблено припущення, що характерні особливості організації crt-кластерів стрептоміцетів можуть бути корисними в класифікації мікроорганізмів до таксонів нижчої ієрархії (клади, виду, підвида) додатково до генетичних та фенотипових характеристик, що вже використовуються.

Ключові слова: Streptomyces, аналіз in silico, первинна структура, геном, кластер, ген, клада, гомологія, перекриття.

Повний текст (PDF, рос)