Mikrobiol. Z. 2017; 79(3):44-55. Ukrainian.
doi: https://doi.org/10.15407/microbiolj79.03.044

Філогенетичний аналіз фітопатогенних бактерій роду Erwinia − збудників хвороб яблуні в Україні

Данкевич Л.А.

Інститут мікробіології і вірусології ім. Д.К. Заболотного НАН України
вул. Академіка Заболотного, 154, Київ, 03143, Україна

Мета. Встановити спорідненість нуклеотидних послідовностей гену 16S pPHК 10 ізольованих штамів Erwinia sp. та 9 колекційних штамів «Erwinia horticola» з типовими представниками роду Erwinia для їх коректної ідентифікації на рівні виду. Матеріали і методи. Об’єкти – 10 ізольованих з уражених тканин яблуні штамів Erwinia sp. та 9 колекційних штамів «Erwinia horticola». ДНК-копію гену 16S pPHK ампліфікували з використанням універсальних праймерів рА та рН. Побудову зворотнього компліменту, редагування, вирівнювання і елаймент послідовностей здійснювали за допомогою програм Multalin і Sequence Manipulation Suite. Пошук гомологічних, задепонованих в GenBank, нуклеотидних послідовностей гену 16S рРНК проводили, використовуючи програму BLASTN. Для побудови дендрограми філогенетичних зв’язків застосовували програму MEGA 5. Результати. Аналіз нуклеотидної послідовності гену 16S рРНК встановив високий рівень гомології (99 − 98 %) досліджуваних штамів з типовими штамами видів E. amylovora, E. pyrifoliae, E. piriforinigrans, E. uzenensis, E. billingiae, E. persicina, E. aphidicola. Висновки. Зважаючи на досліджений нами раніше комплекс ознак фенотипу та встановлену гомологію нуклеотидних послідовностей гену 16S pPHK, можна стверджувати, що найбільш вірогідною є спорідненість ізольованих нами штамів Erwinia sp. та колекційних штамів «Erwinia horticola» саме з типовими штамами видів E. amylovora та E. pyrifoliae. Оскільки, згідно даних літератури, ці види близькоспоріднені та погано диференціюються за гомологією нуклеотидних послідовностей гену 16S pPHK, для остаточної видової ідентифікації досліджуваних нами штамів роду Erwinia необхідно залучення інших генотипових ознак.

Ключові слова: Erwinia sp., «Erwinia horticola», Erwinia amylovora, нуклеотидні послідовності гену 16S pPHК, філогенетичний аналіз.

Повний текст (PDF, укр)