Mikrobiol. Z. 2013; 75(5):76-81.

Комп'ютерний аналіз геномів трьох морських альговірусів

Степанова О.А.¹, Бойко А.Л.², Щербатенко І.С.³

¹Інститут біології південних морів ім. А.О. Ковалевского НАН України
просп. Нахімова 2, Севастопіль, АР Крим, 90001, Україна

²Київский національний університет імені Тараса Шевченко
вул. Володимирська 64, Київ, 01033, Україна

³Інститут мікробіології і вірусології ім. Д.К. Заболотного НАН України
вул. Академіка Заболотного 154, Київ МСП, Д03680, Україна

Проведено комп’ютерний аналіз геномних сиквенсів трьох нових чорноморських альговірусів: Tetraselmis viridis virus (штами TvV-S20, TvV-SI1) та Dunaliella viridis virus (штам DvV-SI2). Виявлено як значну схожість, так і суттєві відмінності між дослідженими штамами і найбільш вивченими морськими альговірусами родини Phycodnaviridae. Отримані результати дають підставу вважати, що досліджені штами є новими вірусами з наступними властивостями: лише вони були виділені з морських еукаріотичних мікроводоростей T. viridis и D. viridis; ділянки їх геномів, що кодують білки (CDSs), локалізовані переважно на одному з двох ланцюгів ДНК і утворюють кілька кластерів з короткими міжгенними проміжками; структура геномів різних вірусів, а також різних штамів одного вірусу значно варіює; геномні ДНК вірусів мають високий GC-вміст (55,5 – 67,4 %); їх гени не містять відомих оптимальних контекстів стартових кодонів трансляції, а також контекстів прочитування термінальних кодонів; переважна більшість вірусних генів і білків не мають аналогічних нуклеотидних чи амінокислотних послідовностей в генетичних банках.

Kлючові слова: морські альговіруси, Dunaliella, Tetraselmis, комп’ютерний аналіз вірусних геномів.

Повний текст (PDF, рос)